SEARCH
技術服務021-34781616

中国福彩网下载 www.owhxgs.com.cn 熱門搜索關鍵詞:轉錄組基因組甲基化酵母文庫蛋白芯片

021-34781616

當前位置:中国福彩网下载 » 轉錄組研究 » 全轉錄組測序
全轉錄組測序

通過全轉錄組測序可快速的獲取某一條件下組織或細胞中大部分轉錄本的表達情況。與常規轉錄組測序相比,全轉錄組測序可以同時獲得mRNA、lncRNA和circRNA三種類型的RNA信息。

歐易特色

豐富的建庫經驗,過硬的建庫質量

10余年文庫構建技術沉淀,具備處理復雜樣品的能力和豐富的建庫經驗

具有特色的高級分析

lncRNA調控機制預測,lncRNA和mRNA的共表達分析,lncRNA、mRNA和circRNA的聯合分析等

結合客戶的需求,靈活進行定制化信息分析

推薦測序模式

Hiseq4000,PE150 

一般測序:10 Gb/樣本

深度測序:20 Gb/樣本

案例展示

案例一  鑒別肺結核中circRNA的表達特征及構建ceRNA調控網絡

研究背景

肺結核(PTB)是由結核桿菌引起的慢性疾病,對人類健康構成嚴重威脅。circRNA被認為在許多疾病的發病機理和發展過程中具有潛在的調控作用,然而,PTB中circRNA的表達模式和調控機理仍有待于研究。


12

                                                                                    技術路線                                                                                                                     ceRNA調控網絡

研究內容

歐易生物攜手蘇州大學生物與基礎醫學學院,通過全轉錄組測序探究肺結核中circRNA的表達特征。作者闡明了肺結核中circRNA的表達特征,通過GO和KEGG富集分析對circRNA進行了功能富集分析,構建了肺結核中circRNA的ceRNA調控網絡。

研究結果

1. 采集3例肺結核患者和3個正常人的全血樣品進行全轉錄組測序,篩選發現170個circRNA的表達量發生了顯著性變化。
2. 在20例患者中對6個circRNA的表達進行驗證,結果與全轉錄組一致。
3. GO和KEGG功能分析發現,差異表達circRNA在一些免疫通路如MAPK信號傳導通路、癌癥中的內吞作用通路出現富集。
4. 構建肺結核中miRNA介導的circRNA-mRNA的相互網絡,即ceRNA調控網絡。

參考文獻
Zhang X, Zhu M, Yang R, et al. Identification and comparison of novel circular RNAs with associated co-expression and competing endogenous RNA networks in pulmonary tuberculosis. Oncotarget 2017; 8(69): 113571-113582. (IF: 5.168)

常見問題

1. 全轉錄組測序和circRNA測序建庫區別是什么?
全轉錄組測序主要通過去除rRNA,構建鏈特異性文庫,測序文庫中保留了mRNA、lncRNA和circRNA的信息。circRNA測序在建庫過程中去除rRNA和消化去除線性RNA,特異富集circRNA。相對于全轉錄組測序,circRNA測序建庫可以獲得更多的circRNA信息。
2. 全轉錄組測序和circRNA測序這兩種方案如何選擇?
如果希望通過一次測序,獲得更多類型的RNA信息,建議選擇全轉錄組測序。全轉錄組測序可以獲得mRNA、lncRNA、circRNA三種類型的RNA信息。但由于建庫方式的差異和測序數據量的限制,全轉錄組測序所獲得的circRNA類型通常比circRNA測序要少。如果研究目的只關注circRNA,那么建議選擇circRNA測序。對circRNA單獨測序,通??梢曰竦帽熱甲椴廡蚋嗟腸ircRNA類型,挖掘出新的circRNA類型。 
3. 全轉錄測序和circRNA測序推薦多少數據量?
全轉錄組測序的話,一般推薦數據量20 Gb;單純的circRNA測序的話,一般推薦數據量10 Gb。

中国福彩网下载

技術熱線:021-34781616 咨詢熱線:4006-4008-26

上海市閔行區新駿環路138號5幢3層
[email protected]
中国福彩网下载
歐易生物微信公眾號
滬ICP備-050455 網站地圖  Copyright ? 2016 上海歐易生物醫學科技有限公司 保留所有權利