調控網絡分析
基于各種調控關系（miRNA-mRNA，miRNA-GO，miRNA-KEGG，mRNA-GO，mRNA-KEGG, lncRNA-mRNA, TF-mRNA, STRING PPI Network等）構建對應調控網絡圖，挖掘網絡中的調控關系，獲取核心因子。
用途
展示各種調控關系網絡，挖掘核心調控分子
展示各種調控關系網絡，挖掘核心調控分子
1.STRING調控網絡
Demo 示例
Demo 結果解讀
上圖展示了基于STRING數據庫的關系對重新繪圖的結果，其中紅色表示上調，綠色表示下調，點的大小表示與周邊的聯系多少，實線表示有實驗證據支持這兩個基因之間存在調控關系，虛線表示無實驗證據支持，線條的粗細表示作用關系的強弱，關系越強，線條越粗。
2.lncRNA_mRNA_TF調控網絡
Demo 示例
Demo 結果解讀
上圖展示了基于lncRNA 轉錄因子分析的數據繪圖的結果，其中紅色為lncRNA，藍色為轉錄因子，綠色為mRNA，點的大小表達與周邊聯系的多少。
3.Pathway Network調控網絡
Demo 結果解讀
上圖展示了基于KEGG數據庫的pathway關系對網絡圖，其中每個節點代表一個pathway，點的大小代表與周邊聯系的多少。
案例展示
案例一 三陰性乳腺癌中TRA2A通過調控可變剪切促進紫杉醇耐藥性和腫瘤發展
研究背景案例一 三陰性乳腺癌中TRA2A通過調控可變剪切促進紫杉醇耐藥性和腫瘤發展
目前仍缺乏治療三陰性乳腺癌（TNBC）的有效手段，其中，紫杉醇耐藥是治療主要的障礙之一。已證實選擇性剪接的失調可能會導致腫瘤發展和化療耐藥。人類選擇性剪接調控基因TRA2有兩個旁系同源基因分別負責編碼TRA2A和TRA2B，已有研究證明TRA2B與癌細胞存活和治療敏感性有關，但TRA2A在腫瘤發展中發揮的功能尚不清楚。
研究內容與結果
歐易生物攜手天津醫科大學，對過表達TRA2A的細胞株和正常細胞株進行表達譜芯片篩選，發現抗性細胞株中TRA2A特異性高表達。分析結果中得到TRA2A調控的可變剪接基因有CALU、RSRC2和PALM。最終研究表明三陰性乳腺癌中TRA2A可以增強癌細胞的增殖、遷移和侵襲能力。此外，驗證TRA2A可以通過調控與癌相關的可變剪接基因RSRC2來增強乳腺癌細胞對紫杉醇的抗性的功能。
技術路線
A)TRA2A影響的可變剪切示例；B) TRA2A影響的可變剪切事件以及
C)正負調控百分比的統計分析；D) TRA2A影響靶基因的GO富集分析；
E,F)富集條目中的基因的PPI結果；G)靶基因中與癌癥相關基因的GO富集分析；H,I) TRA2A過表達定量結果分析
Liu T, Sun H, Zhu D, et al. TRA2A Promoted Paclitaxel Resistance and Tumor Progression in Triple-Negative Breast Cancers via Regulating Alternative Splicing. Mol Cancer Ther.2017,16(7):1377-1388. (IF: 5.579)
上海市閔行區新駿環路138號5幢3層 