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Affymetrix  OncoScan芯片
案例展示
案例一  利用拷貝數變異 CNV 信息探究結腸癌的淋巴結中克隆結構
研究背景
結腸癌致死主要是由遠端轉移病灶引起,直腸癌患者發生轉移性病變后,治療的可能性大大降低,淋巴結一般是轉移病灶的第一站。結腸癌初級腫瘤一般由多個亞克隆組成。單個細胞或細胞團從初級腫瘤組織中逃逸進入淋巴管或血管,形成淋巴結。有時,逃逸的腫瘤轉移細胞會形成新基因型轉移病灶,即亞型克隆。
研究內容
本研究對來源 7 個 CRC 病人的一級腫瘤組織和包含癌組織的淋巴結進行檢測,探索淋巴結轉移病灶是單克隆還是多克隆的,以及形成淋巴結轉移病灶的細胞來源腫瘤組織單一區域還是一級腫瘤組織的多個分離區域。通過對 SNP、CNV 進行分析發現,淋巴結轉移病灶是多克隆的,且起源于初級腫瘤組織的多個離散區域,單個淋巴結可含有多個亞克隆。

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研究結果
1. 通過全外顯子測序對腫瘤組織及正常組織進行檢測,平均深度 48×,6 個病人中檢測到 171-591 處突變,另有一個病人檢測到 4718 處突變。通過定制的目標區域捕獲芯片對檢測到的突變進行驗證及進一步篩選。
2. 使用 Affymetrix OncoScan 芯片對所有樣本的拷貝數變異進行檢測,利用 CNV 數據分析腫瘤純度及倍數性,腫瘤中組織純度高于淋巴結,腫瘤組織大多數為二倍體。
3. 利用深度測序數及 CNV 數據分析發現初級腫瘤及淋巴結轉移病灶均具有異質性。
4. 利用深度測序數及 CNV 數據,進行腫瘤亞克隆分析,所有腫瘤組織都有亞克隆結構,淋巴結間克隆結構存在顯著的差異,并且與初級腫瘤也顯著不同,證明淋巴結轉移病灶不是單克隆。
5. 借助初級腫瘤的特異突變 marker,分析淋巴結轉移病灶起源,結果證明淋巴結轉移病灶可起源于初級腫瘤的一個或多個區域。
6. 經種系發生學分析發現淋巴結轉移病灶包含早期及晚期亞克隆。
7. 結合突變數據、異質性分析、PyClone 結果及種系發生學分析結果構建淋巴結中亞克隆形成模型。
參考文獻
Ulintz PJ, Greenson JK, Wu R, et al. Lymph Node Metastases in Colon Cancer are Polyclonal. Clin Cancer Res 2017; 24(9):2214-2224. (IF: 10.199)


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