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 背景

免疫組庫測序(Immune Repertoire Sequencing,IR-Seq)是一種專用于研究淋巴細胞表面受體多樣性的方法。IR-Seq 以T淋巴細胞或B淋巴細胞為研究目標,通過多重 PCR技術特異性擴增 TCR或BCR的多樣性決定區(主要是CDR3區),再結合高通量測序技術,多方面評估免疫系統的多樣性,挖掘免疫組庫與疾病的關系。
免疫組庫測序技術現已逐漸成為免疫研究的新熱點,且已應用到臨床診斷、輔助治療、藥物研發、健康體檢等多個領域。

應用領域


圖|免疫組庫應用領域


歐易研發

歐易生物與免疫組庫研究專家團隊密切合作,通過前期大量的實驗,現成功設計出人和小鼠TCR和BCR的多重PCR引物,并成功擴增出抗原識別的關鍵區域CDR3片段;通過高通量測序技術,利用生物信息學方法對高通量測序后的大數據進行分析,成功總結出疾病模型下免疫組學核心算法,相關研究成果已發表在Hepatology(IF=14.079)等高影響因子雜志。

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技術優勢

1.針對免疫數據庫IMGT包含的TCR和BCR的所有類型設計引物,多方面、準確地檢測TCR和BCR的多樣性
2. 技術重現性高,兩種T細胞按不同比例混合 1:10,1:100,1:1000,1:10000,測序結果統計與實際比例相一致,可以準確地反應細胞間的比例

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3. 只需要用二代測序短讀長平臺Hiseq Xten即可完成測序,不需要Miseq或三代測序,極大地降低了成本
4. 人和小鼠的TCRα鏈、β鏈、γ鏈、δ鏈以及BCR的輕鏈、重鏈均能測序分析
5. 針對不同樣品(外周血、組織、分選細胞、PBMC)、不同濃度梯度的細胞數均可建庫測序
6. 提供從樣品準備、建庫、測序、分析等一系列服務


分析內容

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圖 | 免疫組庫分析流程


主要分析內容包括

測序數據評估與過濾
不同種類V/J基因的數目、頻率統計
不同種類V-J組合和V-D-J組合的數目、頻率統計
V-J組合的重組位點圈圖
V基因、J基因、V-J組合、V-D-J組合的組間差異比較
CDR3氨基酸克隆型的數目、頻率、長度統計
基于CDR3氨基酸克隆型頻率的樣本間相似性評估
CDR3氨基酸克隆型的多樣性分析,包括Gini、Simpson、Shannon、Rank Abundance
CDR3氨基酸克隆型差異表達分析
樣本間共有CDR3氨基酸克隆分析


部分分析內容展示


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