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lncRNA測序
長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一類轉錄本長度超過200nt、不編碼蛋白的RNA。利用新一代高通量測序技術進行lncRNA測序,并結合生物信息學的預測工具進行lncRNA分析,有助于科研工作者更快發現那些具有重要調控功能的lncRNA,分析其與特定生物學過程的關系。該方法可以更加有效地獲取lncRNA序列以及位置信息,且突破了常規lncRNA芯片檢測技術的使用范圍限制,還可對新的lncRNA進行預測及功能分析,極大促進lncRNA的深入研究。
歐易特色
技術穩定,建庫重復性好
同一樣本重復建庫相關性Pearson值大于0.993
高特異性
使用特定方法降低樣本中rRNA的豐度
高準確度
構建鏈特異性轉錄組文庫,快速、有效、準確地獲取樣本中幾乎全部的lncRNA序列及其位置信息
分析嚴格
系統鑒定已知lncRNA,設置嚴格的篩選條件用于發現新的lncRNA
特色lncRNA高級分析
lncRNA cis和trans調控機制以及ceRNA調控機制等
經驗豐富
已對多種動植物的lncRNA進行測序分析
案例展示
案例一  梗阻性黃疸大鼠模型胸段脊髓的 lncRNA 表達特征分析
研究背景
脊髓中包含復雜的功能基因和長鏈非編碼 RNA,深刻地影響病理性疾病的發生和發展。盡管阻塞性黃疸在多種臨床疾病中已有報道,但胸段脊髓中 lncRNA 表達模式仍有待于探究。
研究內容
歐易生物攜手河北醫科大學第二醫院,共同探究阻塞性黃疸模型胸段脊髓的 mRNA 和 lncRNA 的表達模式,其中 mRNA和  lncRNA 的測序和分析工作由歐易生物完成。該文章利用 lncRNA 測序探究胸段脊髓中 lncRNA 表達特征,通過 GO 和 KEGG 富集分析對基因功能進行注釋,研究了隨著時間變化,阻塞性黃疸模型胸段脊髓的 mRNA 和 lncRNA 表達模式特征。

lncrna

研究結果
1. 構建大鼠阻塞性黃疸模型,發現 BDL 組大鼠的耳朵呈現黃色、血清總膽紅素水平升高。
2. 對實驗組和對照組進行脊髓 lncRNA 測序,通過散點圖和熱圖對結果進行特征分析,共篩選獲得 2800 個差異 mRNAs 以及 2033 個差異 lncRNAs,并對差異表達的 mRNA 進行 GO 和 KEGG 功能注釋。
3. qRT-PCR 驗證差異基因的表達,挑選 5 個上調 lncRNA 和 5 個下調 lncRNA 進行驗證,結果發現 NONRATT002335 和 NONRATT018085 的表達量顯著上調,NONRATT025415、NONRATT025388 以及 NONRATT025409 的表達量顯著下調。
4. 對模型組 14 天和 18 天的 lncRNA 表達進行差異分析發現,NONRATT002335 和 NONRATT018085 的表達量顯著上調,NONRATT025415、NONRATT025388 和 NONRATT025409 的表達量顯著下調。
參考文獻
Wang Q, Li ZX, Liu BW, et al. Altered expression of differential gene and lncRNA in the lower thoracic spinal cord on different time courses of experimental obstructive jaundice model accompanied with altered peripheral nociception in rats. Oncotarget 2017; 8(62): 106098-106112. (IF: 5.168)
常見問題
1. lncRNA 測序建庫與常規轉錄組測序的區別是什么?
長鏈非編碼 RNA 建庫主要通過去除 rRNA,構建鏈特異性文庫。不同于常規轉錄組項目基于 polyA 富集,是因為有研究發現細胞內一部分(>24%)的長鏈非編碼 RNA 都是缺少 polyA 尾的。鏈特異建庫有助于我們確定轉錄的方向,并使得反義轉錄本的定量更為準確。而常規轉錄組測序一般不要求構建鏈特異性文庫。
2. lncRNA 測序獲得的差異 lncRNA 如何進行篩???
首先可以根據 fold change 值和 p value 對差異 lncRNA 進行篩選,然后通過 lncRNA 和 mRNA 共表達分析,從關鍵基因或關鍵信號通路層面入手去鎖定目標 lncRNA,另外可以通過lncRNA高級分析從 lncRNA 的 cis 和 trans 調控機制層面入手,鎖定目標 lncRNA。


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