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lncRNA芯片

長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一類轉錄本長度超過200nt、不編碼蛋白的RNA。lncRNA能在表觀遺傳、轉錄及轉錄后水平上調控基因表達。lncRNA芯片可以快速、高效地篩選出與疾病或特定表型相關的差異lncRNA,為人類疾病的發生、發展和防治提供理論依據。

歐易特色

信息全面

覆蓋多個數據庫的lncRNA信息、涵蓋全面的lncRNA序列

物種豐富

包含人、大鼠、小鼠lncRNA芯片,其他物種可以進行芯片定制

可同時檢測lncRNA和mRNA

可在一張芯片上同時對lncRNA和mRNA進行檢測,挖掘二者之間的關聯

產品質量有保證

歐易生物是Affymetrix和Agilent的雙認證企業

案例展示

案例一  梗阻性黃疸大鼠模型中胸段脊髓的lncRNA表達特征分析

研究背景

脊髓中包含復雜的功能基因和長鏈非編碼RNA,深刻地影響病理性疾病的發生和發展。盡管阻塞性黃疸在多種臨床疾病中已有報道,但胸段脊髓中lncRNA表達模式仍有待于探究。

研究內容

歐易生物攜手河北醫科大學第二醫院,共同探究阻塞性黃疸模型中胸段脊髓的mRNA和lncRNA的表達模式,其中mRNA和lncRNA的測序和分析工作由歐易生物完成。該文章利用lncRNA測序探究胸段脊髓中lncRNA表達特征,通過GO和KEGG富集分析對基因功能進行注釋,研究了隨著時間變化,阻塞性黃疸模型中胸段脊髓的mRNA和lncRNA表達模式特征。

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                                                                    技術路線                                                mRNA/lncRNA差異表達熱圖
1. 構建大鼠阻塞性黃疸模型,發現BDL組大鼠呈現黃色的耳朵、血清總膽紅素水平升高。
2. 對實驗組和對照組進行脊髓lncRNA測序,通過散點圖和熱圖對結果進行特征分析,共篩選得到2800個差異mRNAs以及2033個差異lncRNAs,并對差異表達的mRNA進行GO和KEGG功能注釋。
3. qRT-PCR驗證差異基因的表達,挑選5個上調lncRNA和5個下調lncRNA進行驗證,結果發現NONRATT002335和NONRATT018085的表達量顯著上調,NONRATT025415、NONRATT025388以及NONRATT025409的表達量顯著下調。
4. 對模型組14天和18天的lncRNA表達進行差異分析發現,NONRATT002335和NONRATT018085的表達量顯著上調,NONRATT025415、NONRATT025388和NONRATT025409的表達量顯著下調。

參考文獻

Wang Q, Li Z X, Liu B W, et al. Altered expression of differential gene and lncRNA in the lower thoracic spinal cord on different time courses of experimental obstructive jaundice model accompanied with altered peripheral nociception in rats. Oncotarget 2017; 8(62): 106098-106112. (IF: 5.168)


部分芯片介紹

● OE Biotech Human WT lncRNA Microarray( Affymetrix)
歐易生物基于Affymetrix設計的人類lncRNA芯片,是一款WT系列的lncRNA芯片。芯片上Coding RNA探針源于HTA V2,覆蓋了HTA V2高質量的探針區域,共計27134條Coding 基因,此外還包含63542條non-coding基因。LncRNA的數據來源于LNCipedia、Gencode non-coding database、LncRNAdb(Human Body Map lincRNAs)、BroadInstitute、Ensembl、Refseq、 NONCODEV4、GeneBank 等數據庫。

● OE Biotech Human LncRNA Microarray v5.0 4×180K(Agilent)

歐易生物基于 Agilent G3平臺設計的人類表達譜芯片,除包含36206條mRNA探針(數據來源于Agilent G3 V2 版本信息,涵蓋了NCBI和Ensembl 中大部分已知基因轉錄本,包含19759條已知基因,8614條無Genesymbol信息的mRNA),更設計了 89459條lncRNA探針。LncRNA數據來源于NCBI、Ensembl、LNCipedia、NonCodeV4、lncRNAdb、Broad institute(Human Body Map lincRNAs)、GeneCode等數據庫及相關文獻。

● Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression v3.0 8×60K Microarray

該款芯片包含約26,083條Entrez Gene RNAs(unique)及30,606條lncRNAs(unique)。mRNA 探針設計參照數據庫為:RefSeq Build 66、Ensemble Release 76、Unigene Build 236、GenBank(Aug 2014)。ncRNA 探針設計主要來源數據庫為:LNCipedia Version 2.1、BroadInstitute Human lincRNA catalog(Nov 2011)、Broad Institute UCP transcripts catalog(Nov 2011)。

● Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0

該芯片可為您提供支持所有轉錄本異構體的全轉錄組分析。同時,針對超過40,000個非編碼轉錄本的探針設計,還可幫助您對非編碼RNA進行分析。數據來源于RefSeq、Ensembl、UCSC、MGC、NONCODE、lncRNAdb、Broad Institute、Human Body Map lincRNAs和TUCP catalog。

● OE Biotech Mouse lncRNA Microarray v2.0 4×180K(Agilent)

歐易生物基于Agilent G3平臺設計的小鼠表達譜芯片,除了涵蓋39,430條EntrezGene RNAs外,更涵蓋了約51,302條 lncRNA,lncRNA數據庫來源于NONCODE V3.0、Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding lncRNA( UCR)、lncRNAdb、ncRNA等多個數據庫。

● Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression v2.0 8×60K Microarray

該款芯片包含約 27,122條Entrez Gene RNAs(unique)及4,578條具有相關研究信息的lncRNAs(unique)。探針設計參照數據庫為:RefSeq Build 66、Ensemble Release 76、UnigeneBuild 236、GenBank(Aug 2014)、RIKEN 3。

● OE Biotech Rat lncRNA Microarray v2.0 8×60K(Agilent)

歐易生物基于Agilent G3平臺設計的大鼠表達譜芯片,除了涵蓋約30,000條EntrezGene RNAs外,更涵蓋了約10,000條lncRNA,lncRNA探針是歐易生物和航天醫學基礎與應用國家重點實驗室聯合開發的,數據來源于該實驗室大鼠lncRNA測序數據,及Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding LncRNA(UCR)、lncRNAdb、ncRNA等多個權威公共數據庫。


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