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環狀 RNA 測序
環狀 RNA(circRNA)是一類特殊的 RNA 分子,也是 RNA 領域的研究熱點。與傳統的線性 RNA(linear RNA,含 5’和 3’末端)不同,circRNA 分子呈封閉環狀結構,不受 RNA 外切酶影響,表達更穩定,不易降解。近幾年的研究表明,circRNA 在生物的生長發育、疾病的發生發展、對外界環境的抵御等方面具有重要的調控作用。由于 circRNA 的閉合環狀特性,通過去除 total RNA 中的 rRNA 和線性 RNA 分子,可以特異地富集 circRNA 分子后測序,更有針對性地分析受檢樣本中特定的 circRNA 譜、circRNA 剪接模式、組間差異和分子功能等。
歐易特色
應用范圍廣
可以檢測幾乎任何動植物的 circRNA
環狀 RNA 全覆蓋
高深度覆蓋,可以檢測到低豐度的 circRNA
生物信息學分析
強大的生物信息學團隊,提供circRNA 鑒定、circRNA 功能預測、
circRNA 分子標志物篩選等深入分析易讀性強的數據報告
推薦測序模式
●  Hiseq X Ten,PE150    ●  推薦10 Gb/樣本
案例展示
案例一  大鼠肝再生啟動期中的 circRNA 表達特征及關鍵 circRNA 篩選
研究背景
肝再生在眾多肝相關疾病中發揮重要作用。目前已有關于大鼠肝再生中肝細胞的增殖、能量代謝等分子機制研究,此外,circRNA 的豐度和肝細胞增殖間的關聯也已有報道。然而,大鼠肝再生中 circRNA 的調控功能仍有待于研究。
研究內容
歐易生物攜手河南師范大學生命科學學院,構建大鼠肝再生模型,利用 circRNA 測序探究大鼠肝再生過程中 circRNA 表達特征。利用 circRNA 測序共篩選獲得在肝再生中差異表達的 159 個 circRNA。通過 GO 和 KEGG 對差異 circRNA 進行功能富集分析并構建了 circRNA-miRNA 互作網絡。最后,通過 qRT-PCR 驗證了可能在肝再生中發揮重要調控作用的 circRNA。

環


研究結果
1. circRNA 測序共獲得 2412 個 circRNA 的表達信息,其中 159 個 circRNA 的表達具有顯著性差異。
2. GO 富集分析發現,肝再生中與肝損傷修復有關的條目獲得顯著性富集,如細胞增殖、能量代謝等。
3. 利用兩種不同方法篩查可能在肝再生中起重要作用的 circRNA,通過 qRT-PCR 驗證發現其中的 6 個 circRNAs 可能在肝再生中起關鍵調控作用。
參考文獻
Li L, Guo J, Chen Y, et al. Comprehensive CircRNA expression profile and selection of key CircRNAs during priming phase of rat liver regeneration. BMC Genomics 2017; 18(1): 80. (IF: 3.867)
常見問題
1. cricRNA 測序和普通的 RNA-seq,在抽提 total RNA 時有區別嗎?
circRNA 測序對 total RNA 的要求與普通的 RNA-seq 相同,所以抽提方法也相同。但是由于 circRNA 建庫需要去除 rRNA 和線性 RNA,所以需求大量的 total RNA,需提供 ≥22 μg 的 total RNA,其中 20 μg 用于 circRNA 建庫。
2. 全轉錄組測序和 circRNA 測序區別在哪里?如何選擇?
兩種測序方式的相同之處為都可以獲得 circRNA 序列信息。不同之處在于,全轉錄組測序除了 circRNA 序列信息外,還可以獲得 mRNA 和 lncRNA 的序列信息,可以進行 circRNA-mRNA、lncRNA-mRNA 關聯分析和網絡構建,lncRNA 的調控機制(cis 和 trans)等分析;但由于建庫方式的差異和測序數據量的限制,全轉錄組測序所獲得的 circRNA 類型通常比 circRNA 測序要少。而 circRNA 測序,只能獲得 circRNA 序列信息,但 circRNA 測序可以獲得比全轉錄組測序更多的 circRNA 類型,可以對 circRNA 的剪接模式和 circRNA 類型進行更細致、深入的分析,便于發現新的 circRNA。


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