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表達譜芯片應用


檢測基因表達水平、差異基因篩選、基因功能研究

Affymetrix芯片平臺

技術特點

采用獨特的光蝕刻原位合成技術合成芯片
采用短探針設計(通常25mer長度),具有較好的靈敏度
采用多位點探針設計,即對一個基因轉錄本,設計多個探針,綜合評價基因表達量

1

歐易生物是Affymetrix基因芯片官方認證服務商

技術流程

aff

 Affymetrix  IVT

2

 Affymetrix  MT

芯片類型

3'IVT表達譜芯片

1表格

WT表達譜芯片 

2表格

歐易特色

完整的硬件系統:配備有芯片檢測所需的所有儀器,包括雜交爐、掃描儀、2100樣品質控系統等
專業的技術操作人員:十年以上芯片實驗操作經驗
專業的生物信息分析團隊,熟悉各種分析算法和軟件
更個性化的生物信息分析服務:與客戶充分互動,提供更多個性化分析思路和分析方案
完善的后續驗證支持:持續專注于mRNA的定量檢測,為上千位客戶提供過相關服務


表達譜芯片分析流程


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 表達譜芯片技術參數

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案例展示

案例一  三陰性乳腺癌中TRA2A通過調控可變剪切促進紫杉醇耐藥和腫瘤發展

研究背景

目前仍缺乏治療三陰性乳腺癌(TNBC)的有效手段,其中,紫杉醇耐藥是治療主要的障礙之一。已證實選擇性剪接的失調可能會導致腫瘤發展和化療耐藥。人類選擇性剪接調控基因TRA2有兩個旁系同源基因分別負責編碼TRA2A和TRA2B,已有研究證明TRA2B與癌細胞存活和治療敏感性有關,但TRA2A在腫瘤發展中發揮的功能尚不清楚。

研究內容

歐易生物攜手天津醫科大學,對過表達TRA2A的細胞株和正常細胞株進行表達譜芯片篩選,分析TRA2A調控的可變剪接。最終研究表明三陰性乳腺癌中TRA2A可以增強癌細胞的增殖、遷移和侵襲能力。此外,TRA2A可以通過調控與癌相關的可變剪接增強乳腺癌細胞對紫杉醇的抗性。

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研究結果

1. 對正常乳腺癌細胞和紫杉醇抗性乳腺癌細胞株進行表達譜芯片篩選,發現抗性細胞株中TRA2A特異性高表達。
2. 驗證TRA2A的功能,發現過表達TRA2A可以促進癌細胞遷移和侵襲。
3. 通過表達譜芯片進行可變剪接篩選,篩選得到7個候選基因,隨后,紫杉醇處理癌細胞后發現其中的三個基因(CALU、
RSRC2和PALM)發生可變剪接,表明紫杉醇抗性細胞株中TRA2A主要調控CALU、RSRC2和PALM的可變剪接。
4. 臨床組織樣本驗證TRA2A的表達和CALU、RSRC2和PALM的可變剪接,發現TRA2A的表達與三陰性乳腺癌病人生存率、腫瘤發展階段以及紫杉醇抗性等密切相關。在腫瘤復發和轉移組織樣本中發現,RSRC2的兩個轉錄本中RSRC21高表達而RSRC2s低表達。對RSRC2s進行功能驗證,結果表明RSRC2s的敲降增強了細胞對紫杉醇的耐藥性。
5. 通過PubMed發現RSRC2中RSRC21保留了第四個外顯子,該外顯子含有一個提前終止密碼子,使得RSRC21不能正常
翻譯成功能蛋白。隨后,作者通過可變剪接微基因報告方法證明了TRA2A通過調控可變剪接使得RSRC21高表達RSRC2s低表達,從而抑制功能蛋白的表達。

參考文獻
Liu T, Sun H, Zhu D, et al. TRA2A Promoted Paclitaxel Resistance and Tumor Progression in Triple-Negative Breast Cancers via Regulating Alternative Splicing. Mol Cancer Ther 2017; 16(7): 1377-1388. (IF: 5.579)



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