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簡化基因組測序2b-RAD
2b-RAD技術(Wang et al, Nat. Methods, 2012)是指基于IIB型限制性核酸內切酶的簡化基因組測序技術。通過對IIB型內切酶酶切基因組產生的等長tag進行高通量測序,可以大幅降低基因組的復雜度,同時不受有無參考基因組的限制,快速進行全基因組范圍內大規模SNP標記的開發與分型。與傳統的簡化基因組技術RAD-Seq相比,2b-RAD技術獲得的標記數目更多、分型準確率更高,可用于高密度遺傳圖譜構建、QTL定位、全基因組關聯分析、群體進化研究、輔助基因組的組裝、全基因組選擇育種等。
歐易特色
不經過片段大小選擇,技術重復度好
具有極強的靈活性,標簽數目多少可控
標簽長度一致,PCR時具有一致的擴增效率
根據每個客戶的研究目標和內容靈活定制研究方案
共顯性標記之外還可以開發顯性標記
基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型算法iML,有效去除重復序列對分型的干擾
推薦測序模式
●  Hiseq X-Ten, PE150    ●  4 M reads/1 G基因組大小
案例展示
案例一   白靈菇遺傳圖譜的構建和基因組組裝
研究背景
白靈菇是一種可商業栽培的蘑菇品種,越來越受到中國和其他亞洲國家的歡迎。但是由于其產量低、栽培時間長和對病害敏感等問題,導致白靈菇的商業利潤非常低。因此,提高白靈菇的重要農藝性狀是當前育種工作所需要的。分子標記輔助育種尚未應用到白靈菇,遺傳圖譜和物理圖譜的構建,是遺傳育種和分子標記技術的基礎,能夠大大加速育種工作進程。
研究內容
歐易生物攜手中國農業科學院農業資源與農業區劃研究所,采用2b-RAD技術對來源于白靈菇雜交菌株(H6PA X H6PB)的115個單核菌株進行遺傳圖譜的構建;然后對1株單核菌株進行de novo測序,將基因組scaffolds和遺傳圖譜相結合,輔助基因組scaffolds的拼接。最后,本研究對交配型位點A和B進行了鑒定。

2b

研究結果
1.平均每個樣本獲得1.1M高質量reads,平均測序深度49X,共獲得1770個SNP標記,其中1711個SNP標記用于構建遺傳圖譜。遺傳圖譜共包括12個連鎖群,1182個標記,圖譜總長度為1073 cM,標記平均間隔1.0 cM。
2.白靈菇單核菌株489P1進行de novo測序(Hiseq2500, PE125),共獲得500個scaffolds(≥500bp),組裝基因組大小為40.83Mb,GC含量50.22%,與杏鮑菇基因組共線性高。
3.遺傳圖譜上的1151個SNP標記(97.4%)可以定位到78個scaffolds,覆蓋整個白靈菇基因組的83.1%(33.9Mb),絕大多數SNP與物理圖譜的共線性良好。
4.交配型位點A和B分別位于不同的連鎖群,并在白靈菇基因組上被鑒定到。交配型B位點的5個可能的信息素受體和2個可能的信息素前體也被檢測到。
5.這是白靈菇第一個遺傳圖譜與基因組de novo測序整合的研究,為白靈菇的分子育種工作提供了基礎。
參考文獻
Gao W, Qu J, Zhang J, et al. A genetic linkage map of Pleurotus tuoliensis integrated with physical mapping of the de novo sequenced genome and the mating type loci. BMC Genomics 2018; 19(1): 18-31. (IF: 3.729)

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