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酵母文庫和測序建庫是什么

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瀏覽:- 發布日期:2016-10-18 15:40:14【

隨著現在生物技術的發展我們經常就會聽到各種建庫,如酵母文庫,以及測序建庫。而這些庫又都代表了什么呢,接下來的文章將會講解一下酵母文庫以及測序建庫。

酵母文庫

提到酵母文庫不得不提到酵母雙雜。酵母轉錄因子GAL4包含有兩個彼此作用但是空間上分離的結構域。一個是DNA結合域(DNA binding domain簡稱BD),另一個則是轉錄激活域(Activation domain簡稱AD)。當兩個結構域充分接近的時候則呈現完整的GAL4轉錄因子活性,并可以激活下游的報告基因。因此可以將想要研究的兩個蛋白分別連在含有AD與BD的載體上,之后通過轉染酵母,如果這兩個蛋白相互作用,則會使AD和BD在空間上相遇,從而激活下游的報告基因,從而表示這兩個蛋白是有相互作用的。但是這只能研究兩個特定蛋白的相互作用,并且這種方法和大程度上依賴于網站的預測,以及實驗人員的猜想。為了研究某種蛋白與哪些蛋白有相互作用,酵母文庫就誕生了。

所謂的庫,顧名思義就是倉庫。也就是包含有所有基因的一個大倉庫。我們通過提取想要研究物種(以水稻為例)的總RNA,之后分離出具有編碼蛋白功能的mRNA,通過逆轉錄得到cDNA。之后我們將這些cDNA全部與AD載體連接。這樣就得到了一個大的AD文庫,之后將其轉入酵母中,這樣每一個酵母都含有一個構建好的質粒。理論上,這樣的一個文庫內的酵母能夠表達水稻內所有的蛋白(如圖1)。

這樣我們只要構建我們需要研究蛋白的BD載體,之后與建好的酵母文庫雜交進行篩庫,來確定相互作用的蛋白。理論上只要能和研究蛋白相互作用的蛋白,在文庫中都能篩選得到,這樣能夠更好地研究蛋白質的功能。

測序建庫

測序建庫,是伴隨著二代測序技術的發展而崛起的一種建庫。由于測序并不能讀取很長的片段,因此,在測序建庫時,會利用特殊的方式(一般是超聲或是化學試劑)將DNA隨機打成特殊的片段大小。之后利用建庫試劑盒進行建庫。接下來我們就來簡單了解一下建庫的基本原理以及簡單的流程(這里涉及的主要是常規的建庫)

RNA測序建庫

由于RNA的不穩定,因此我們建庫時一般是需要將其反轉錄為cDNA。之后通過在其每條鏈的兩端加上A,再通過連接酶連上接頭(接頭用于接下來的PCR擴增)。之后通過PCR將建好的庫擴增得到最后的RNA測序庫(如圖2)。

DNA測序建庫

DNA的建庫與RNA的基本類似,只是沒有了反轉錄的過程,且有一個超聲波打斷的步奏,其余的步驟和RNA的基本類似。

以上只是對我們實驗中最常見的庫進行了簡單的解讀。以上的實驗步驟都只是為了理解而總結的簡易步驟,只是幫助理解,不可應用在正式的實驗中,如果需要正式建庫可以參照購買的試劑盒給出的說明書,或是聯系我們----歐易生物,我們有著非常豐富的酵母文庫以及測序建庫的經驗。

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    【本文標簽】:酵母文庫 測序建庫 文庫構建 測序 基因測序 高通量測序 二代測序 分子生物學
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